假设进行了大脑成像研究，目的是更好地了解孤独症。研究者给受试者看了一系列面部照片，并让他们找出同样的两张照片。孤独症谱系者比正常对照者反应速度慢半拍。
但是研究者们没有考虑到的一个因素是，参与这项研究的孤独症患者都是在严重睡眠不足的情况下进行的。因此，这种迟钝的反应可能是由于缺乏睡眠，而不是由于孤独症。
这里有一个假设的例子。但孤独症患者的睡眠问题比对照者更为普遍，因此这样的研究结果很可能是错误的。
证据确凿：
失眠会加重孤独症患者的社交困难和重复行为。这可能改变大脑活动和基因表达，同时，每天特定时间点的实验也会导致结果的偏差，因为很多生物学过程在24小时的循环周期中，都会出现衰有升。一些研究表明，为了得到更加精确的结果，研究者应该考虑实验的时间间隔，以及参与者的睡眠质量。
BethMalow(Beth)
田纳西州纳什维尔VanderbiltUniversity的神经科和儿科教授BethMalow(BethMalow)认为，没有考虑到睡眠因素，就无法知道睡眠不足会影响实验结果。他还说：“总有一天，这种因素会显现出来。”
SynthiaJohnson(CynthiaJohnson)
行为科学研究者常常认为睡眠因素可能会让实验结果混乱，佛罗里达大学盖恩斯维尔分校(UniversityofFloridainGainesville)的临床和健康心理学副教授CynthiaJohnson说道。根据行为学的研究，如果孤独症患者被随机分为两组，那么有睡眠问题的受试者应该平均分配。Johnson认为：“实验的随机性，我们应该考虑睡眠对实验的影响。
但对大脑活动或基因表达的研究而言，随机化同样不能反映事实。这两项研究通常将有自闭症的人群与正常人群作对照。所以这个发现可能反映出，参与者的身体受睡眠干扰或昼夜节律的自然波动的影响，与是否患有自闭症没有关系。
费力的脑力
大约有44%到86%的孤独症患者存在入睡困难、午夜醒来、早起或出现其他睡眠问题的情况。这类问题可以破坏昼夜节律，或使生物钟失调。
大量的证据表明，睡眠不足会影响大脑活动。举例来说，当一个人集中精力做某件事时，大脑的默认网络回路就会关闭；如果晚上没有睡好，就会阻碍人体关闭大脑的网络。一些研究显示，孤独症患者的这种网络表现不正常，但这是否是因为睡眠问题还不清楚。
此外，失眠还会放大杏仁核(大脑控制情绪的区域)对厌恶刺激的影响。有些孤独症患者的脑部区域被异常激活。
缺少睡眠还会影响内侧颞叶，这个脑区对于识别面部表情很重要。由于缺乏睡眠，人们识别面部图像的速度比识别其他物体图像要慢，而且还显示颞叶中的神经元活动减弱。
丽贝卡•琼斯(雷贝卡琼斯)
“有大量的证据表明睡眠问题可能是真正令科学研究陷入混乱的因素，”纽约威尔康奈尔医学院(WeillCornellMedicineinNewYork)神经科学助理教授丽贝卡？琼斯(RebeccaJones)指出。但在研究过程中，必然会包括有睡眠障碍的受试者，因为这样会招募不够多的人。
每天的时间点也会影响大脑的活动。DuncanHodkinson(DuncanHodkinson)及其同事在2014年进行的一项研究中，测量了13名普通男性大脑默认网络活动情况。研究人员用功能磁共振成像技术，在早上和下午对受试者进行大脑扫描。研究人员发现，这种大脑默认网络在下午的活动较少。
Hodkinson,Hodkinson)
博斯顿·希尔德伦麻醉科老师霍德金森(Hodkinson)说：“如果大脑扫描包含了上一下午的数据，那么就需要检查受试者的分布是否平衡，否则，对于结果的解释就必须要谨慎，要考虑到失眠的影响。
当研究者连续几个星期或几年扫描同一个人时，他进一步指出，应该坚持每天扫描同一时间点。
遗传节奏
睡得好可以影响基因在大脑的表达。缺觉改变了老鼠大脑和人类血液中的基因表达。许多被感染的基因调控着昼夜节律，一些还调控着免疫反应或者DNA和蛋白质的化学修饰，这些修饰影响着基因的表达。
这与孤独症最可能的致病基因的功能相重叠。有这些功能的基因在孤独症患者脑中的表现形式是不同的。研究结果提示，睡眠问题可能会放大或削弱孤独症患者的基因表现。
JanineLaSalle,Janine)
珍妮·拉塞尔(JanineLaSalle)，加州大学戴维斯分校基因研究中心(UniversityofCalifornia,Davis,GenomeCenter,GenomeCenter)副主任，认为昼夜节律也影响基因表达。四月份公布的一份分析报告显示，从531名成年死者的大脑样本中检测出的基因中，大约9%的表达量会随着白天的不同而改变。这种改变与影响基因表达的化学修饰的周期变化是一致的。有些研究者说他们并不担心昼夜节律对基因表达研究的影响。
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洛杉矶加利福尼亚大学(UniversityofCalifornia,LosAngeles)神经病学、精神病学和人类遗传学的杰出教授丹尼尔？盖世文(DanielGeschwind)说：“这是一个非常有趣的想法，但却是一种不太可能的驱动力。
许多证据显示：
孤独症患者大脑中基因表达异常的模式非常相似，它们不可能都是错误的。
要了解昼夜节律是否影响基因表达，研究人员需要了解大脑捐献者死亡的时间和日期，而这些信息往往得不到。
